Das Kleine Schneeglöckchen ist in West-, Mittel- und Südeuropa in Schlucht- und Auwäldern verbreitet. Dort ist sie die einzige heimische Schneeglöckchenart. Ebenso in Mischwäldern, Gärten und Parkanlagen. In einigen Bundesländern ist das Kleine Schneeglöckchen gefährdet. Sie ist durch das Washingtoner Artenschutzübereinkommen (CITES) geschützt.
Das Kleine Schneeglöckchen eine insektenfreundliche Pflanze. Honigbienen und Schmetterlinge sorgen für die Bestäubung. Im Frühjahr sind Schneeglöckchen meist die ersten Nahrungsquellen für Bienen. Seine Elaiosom, also fettreiche Anhängsel an die Samen, locken Ameisen an und werden so von ihnen verbreitet.